Het wordt snel te klein en in 1682 wordt ook het aangrenzende huis “Aäron”aangekocht door dr. Johannes de Vroom, een medicus uit Breda, evenals het achterliggende huis aan de Houtgracht, het latere Waterlooplein. In 1682 koopt een tussenpersoon nog een belendend pand, dat eigendom is van David Torres. In 1690 koopt Johannes de Vroom nog twee panden, wat het totaal op zes brengt. Intussen is de pastoor, pater Cornelis de Vroom, al begonnen met de uitbreiding van de kerk, nog voordat de koop rond is en er toestemming is verkregen van het stadsbestuur, dat dit daarna prompt weigert.

Inwijding van de schuilkerk in 1691

Pas bij de volgende pastoor, Aegidius de Glabbais, volgt toestemming en wordt de kerk op 29 maart 1691 ingewijd als grootste katholieke huiskerk. Als er echter in Den Haag in 1690 in zo’n soort kerk mensen door de vloer van de bovengalerij zakken, wordt, mede op aandringen van de Poolse gezant, in Amsterdam in 1691 toestemming gegeven voor nieuwbouw van sommige verborgen kerken, waaronder de Mozes en Aäron. Naast de kerk wordt een grote pastorie gebouwd, bestaande uit een voor- en achterhuis met binnenplaats. De nieuwe schuilkerk is een flink gebouw, geschikt voor zo’n 3000 gelovigen, waarin al in 1720 een enorm altaar geplaatst wordt. De kerk is het katholiek "Paradiso" van die tijd, de diensten worden muzikaal begeleid door koor en orkest; zo zingt de grootvader van Beethoven als musicus van de grootvorst van Keulen een prachtige solo op zondag 7 mei 1749, waardoor de kerk veel bezoekers trekt en het centrum wordt van het muziekleven in Amsterdam. In 1759 wordt de kerk, zowel van binnen als van buiten, verder verfraaid.

Rond 1830 is de schuilkerk bouwvallig geworden. In 1836 maakt pater Arnoldus van Giessen, die in 1830 pastoor is geworden, bekend dat hij voldoende huizen rondom de kerk heeft kunnen kopen om een grote nieuwe kerk te kunnen bouwen. Voor een indruk van het interieur, zie het tabblad "Interieur schuilkerk".